La ‘storia’ della parrocchia inizia e si sovrappone con quella della chiesa di sant’Ilario. Il primo cenno che ne abbiamo risale all’anno 1137, quando vennero donati dei terreni, nel rione Città Nova, al vescovo Oberto allo scopo di costruirvi una chiesa dedicata a sant’Ilario.

Il fatto della donazione non costituisce motivo di singolarità se non per il momento storico e per il luogo nel quale avviene. Il luogo è il territorio marginale della cosiddetta ‘Città Nova’ cioè quell’insediamento fuori dalle mura romane che era stato occupato da significative presenze monastiche: san Benedetto – fondazione di Nonantola-, san Salvatore che in seguito muterà il titolo in santa Monica, territori e presenze che dal punto di vista ecclesiastico erano autonomi, anche la collegiata di sant’Agata non dipendeva dal vescovo. Nella ‘Città Nova’ prosperava il ceto mercantile che nel XII secolo è attraversato da correnti ereticali. Lo stesso sant’Omobono, che nasce ed opera in questa parte della città, è testimone di questa temperie.

La chiesa di Sant’Ilario perciò assurge a simbolo di un interesse del vescovo su questa parte della città e di difesa dell’ortodossia: la scelta di sant’Ilario, martello degli eretici, ne converrebbe l’intenzione. La guida della comunità parrocchiale passa dal clero secolare a quello regolare nel 1477 quando il rettore don Pasquale Coppi la passò ai Frati Gesuati di S. Giovanni Colombini. Questi frati, detti “Poveri di Cristo”, si prodigavano, durante le pestilenze, nella cura degli ammalati e nella sepoltura dei defunti. Essi svolsero la loro attività per più di due secoli, fino a quando la congregazione venne soppressa dal papa Clemente IX (1668).